蓝光治疗仪最常见的应用是治疗痤疮。蓝光能够有效杀灭引起痤疮的细菌（如痤疮丙酸杆菌），减少皮脂分泌，降低炎症反应，从而改善痤疮的症状。通常，治疗周期为数周，每周进行1-2次治疗。

蓝光治疗也可以用于治疗某些皮肤炎症性疾病，如皮肤过敏、湿疹和银屑病等。蓝光的抗炎作用有助于减轻这些疾病引起的红肿和瘙痒。

蓝光治疗可以刺激胶原蛋白的生成，改善皮肤的质地和弹性，减少细纹和皱纹，达到抗衰老的效果。许多美容院和皮肤科诊所使用蓝光治疗仪作为皮肤年轻化的手段。

蓝光治疗也被用于治疗一些色素沉着问题，如黄褐斑和雀斑。蓝光可以帮助均匀肤色，减少色素沉着。

蓝光治疗仪可用于治疗某些类型的皮肤感染，特别是由细菌引起的感染。通过蓝光的杀菌作用，可以加速感染的愈合过程。

皮肤病变监测：某些研究表明蓝光可以帮助监测皮肤病变，辅助诊断。

口腔疾病：在某些情况下，蓝光治疗也被应用于口腔疾病的治疗，如口腔溃疡。