样品处理：首先，将待分析的样品进行处理，如提取DNA或RNA，并将样品转移至PCR反应板或管中。在这一步骤中，需要确保样品的纯度和浓度符合PCR分析的要求。

PCR反应设置：根据实验需要，设置PCR反应的参数，包括反应体系、引物浓度、模板DNA/RNA浓度等。将PCR反应体系分装至PCR反应板或管中。

荧光检测设置：根据实验需要，设置荧光检测的参数，包括激发波长、发射波长、检测通道等。确保荧光检测系统的灵敏度和特异性符合实验要求。

实时监测：将PCR反应板或管放置至全自动PCR分析系统中，启动实时监测程序。系统将实时监测PCR反应过程中的荧光信号，并记录下扩增曲线和荧光强度数据。

数据分析：系统内置的数据采集与分析模块将自动处理实时监测得到的数据，包括扩增曲线分析、荧光信号定量分析等。用户可以通过系统界面查看实验数据和分析结果。

结果报告：根据实验结果，系统可以自动生成PCR分析结果报告，包括扩增曲线图、荧光信号图、定量分析结果等。用户可以根据需要导出结果报告或打印保存。